发行公司债券的主要程序有：
1.作出决议或决定
股份有限公司、有限责任公司发行公司债券，由董事会制订方案，股东会作出决议;国有独资公司发行公司债券，应由国家授权投资的机构或者国家授权的部门作出决定。
2.申请发行
公司在作出发行公司债券的决议或者决定后，必须依照公司法规定的条件，向国务院授权的部门提交规定的申请文件，报请批准，所提交的申请文件，必须真实、准确、完整。向国务院授权的部门提交的申请文件包括：公司登记证明、公司章程。公司债券募集办法、资产评估报告和验资报告。
3.发行公司债券的批准
国务院授权的部门依照法定条件负责批准公司债券的发行，该部门应当自受理公司债券发行申请文件之日起三个月内作出决定;不予审批的，应当作出说明。
4.公告募集办法
发行公司债券申请经批准后，应当公告债券募集办法;在募集办法中应当载明下列事项：(1)公司名称;(2)债券总额和债券的票面金额;(3)债券的利率;(4)还本付息的期限和方式;(5)债券发行的起止日期;(6)公司净资产额;(7)已发行的尚未到期的公司债券总额;(8)公司债券的承销机构。
5.公司债券的载明事项
公司发行公司债券，必须在债券上载明公司名称、债券票面金额、利率、偿还期限等事项，并由董事长签名，公司盖章。
6.公司债券存根簿
公司发行公司债券应当置备公司债券存根簿。发行记名公司债券的，应当在公司债券存根簿上载明下列事项：(1)债券持有人的姓名或者名称及住所;(2)债券持有人取得债券的日期及债务的编号;(3)债券总额，债券的票面金额，债券的利率，债券的还本付息的期限和方式;(4)债券的发行日期。
7.发行中不当行为的纠正
国务院授权的部门对已作出的审批公司债券发行的决定，发现不符合法律、行政法规规定的，应当予以撤销;尚未发行的，停止发行;已经发行公司债券的，发行的公司应当向认购人退还所缴股款并加算银行同期存款利息。